Yo creo que el compañero se referia a a que homebrew tenias en tu SD, a los programas que accedes desde el HBC, por otro lado, aunque no tengas nada en la SD el HBC deberia funcionar no mostrandote nada, el USB Loader GX no te funciona porque si tienes un canal en el menu del sistema, sera un forwarder, que arranca el programa desde la SD.
Para los canales de la consola (los que has enumerado anteriormente) simplemente ejecutalos y ajusta de nuevo las configuraciones de cada uno y asunto resuelto, para el homebrew te va a tocar volver a meterlos de nuevo y configurarlo, pero tampoco es un trauma.
Eso si, formatea la SD en FAT32 con 32 kb de cluster y asunto apañado.