yo guardaria lo importante en el PC, formatearia la tarjeta e instalaria todo d nuevo...
y las roms las puedes poner en donde kieras, yo en mi caso tengo una carpeta en la raiz ke se llama ROMS y dentro tengo 1 subcarpeta para cada consola. La primera vez ke inicies el ordenador tendras ke buscar esa carpeta, pero las proximas veces ya te abrira la lista de roms desde ahi sin ke tengas ke volver a buscarla