Si tienes bloques malos es normal que te de diferencias, haz lo siguiente, copia las nand en otra carpeta para hacer unas pruebas y conservar las originales, luego sobre esas nand ejecuta este comando NandPro nombrenand.bin: -e16 xxx 1 sustituye las xxx por el numero de bloque con el error de lectura, si tienes varios bloques malos repite la operacion cambiando las xxx por los bloques correspondientes, con esto lo que haces es eliminar de esa nand los bloques malos, luego compara las nand y te tienen que dar identicas, con eso compruebas que realmente la diferencia entre las nand son por la lectura de bloques malos, sobre todo no uses las nand a la que le has borrado los bloques para flashear utiliza las que te dije que conservaras como originales y te recomiendo el Autogg de blackat para el mapeado de los bloques malos, hace todo el proceso automaticamente.
Saludos.