A ver... no creo que te pueda solucionar mucho, pero bueno, ahí voy:
1.- De este tema no puedo hablarte, ya que yo uso el passKey3 o el integrado en la propia R4. Mi cycloDS funciona a la perfección con ellos. Sobre el pass1, no tengo ni idea, pero si buscas por el foro, seguro que hay algún post que habla sobre él, o buscando por google (que supongo que a lo que estés 5 minutos buscando, aparecerá algo que te aclare)
2.- ¿Para que quieres flashear tu NDS?. Si tienes un CycloDS con entrada de microSD (aunque lo llamas Cyclokey -supongo que te habrás equivocado-, y lo que es el CycloKey es lo mismo que el passkey), si es de slot-2, solamente te hace falta un pass en el slot-1 para poder ejecutar las aplicaciones de NDS y GBA. Si es de Slot-1 (CycloDS Evolution, creo que se llama), no te hará falta ni flash en el slot-2 ni passkey (eso si, tampoco podrás ejecutar los juegos de GBA). No te hará falta flashear la consola. La consola solo se flashea cuando no quieres tener un cartucho tipo pass en el slot-1, para que así te ejecute las aplicaciones de NDS directamente desde el Slot2 (CycloDS en nuestro caso)
3.- Si la flashearas, no te haría falta el cycloKey (que no por ello la flashcard de turno, supongo que la CycloDS micro SD). En teoría, deberían funcionar todas las aplicaciones de NDS y GBA que le metas.
Creo que no te ha ayudado mucho, pero bueno... si algún compa quiere corregirme porque me he equivocado (que es probable), adelante. Un saludo!