yo tambien tengo un M3 Perfect SD y lo que hago para cargar homebrew es coger la version *.nds, parchear con las librerias DLDI si es necesario en ese homebrew y despues abrirlo en la DS con START si no funciona con A.
EDIT: Todo eso es para el BEUP. Para el moonshell:
Abre el archivo llamado SETUP que viene en la carpeta del moonshell. Al principio te preguntará en qué letra de unidad se encuentra la tarjeta SD.
En la parte de la derecha te da a elegir varios flashcards.
Elige M3 SD (deselecciona todos los demas) y no hace falta que configures nada mas. Dale a OK, aceptar o lo que salga y espera a que acabe.
Despues de eso en la raiz de tu tarjeta encontrarás un archivo llamado MOONSHELL... o BOOT... dependiendo de la version del moonshell que hayas instalado (es *.nds)
Ese archivo abrelo con A y ya está. Funcionando a la perfeccion