a mi me pasa algo parecido con mi R4 en mi DS lite negra, cuando saco la SD para meterle algo y luego de ponerla (todo esto sin sacar la flash de la DS), y la prendo, aveces no me la detecta, pero vasta con sacar la flash y volver a meterla, un poco fuerte y si me la detecta, a veces debo hacerlo mas de una vez, pero son raras las veces que me sucede, seguro que eso te ha pasado, trata de insertar bien la flash para ver si funciona