Para usar la libfat lo unico que tienes que hacer es incluir el archivo "fat.h" en cualquier .cpp, y en los que quieras tener acceso a la fat, incluir la libreria stdio.h (la normal de toda la vida). Eso si, solo podras tener acceso a las funciones de entrada/salida de archivos de ANSI C (fopen, fclose, fseek, fprintf, fscanf, fread, fwrite, ftell...), nada de streams de c++.