Un chip no puede joder una consola por si mismo hace falta una mala instalación para que eso ocurra. De hecho el chip simplemente se encarga de interferir en el proceso de carga de tu backup al comenzar la lectura, le envia la info de que es un juego original al controlador correspondiente y nada más. El chip puede apagarse despues o quedarse consumiendo una pequeña cantidad de corriente de la consola (no apreciable para k llegara a joderse nada) segun como esté programado.
Lo que si suele ocurrir es que la lente al ser una pieza con una vida limitada (estamos hablando de años en principio) el laser es un fungible como podria ser un cartucho de tinta para que veas el símil) al meter backups grabados a altas velocidades y en soportes de dudosa calidad puede hacer que la lente acabe muriendo o descalibrase prematuramente. Para evitar esto usa siempre dvds verbatim, o ritek y grabados máximo a 2X esto alargará la vida de tu lente.
El tema del online depende en gran medida del fabricante de la consola si consiguen detectar el chip es obvio que no podras jugar online, de momento que yo sepa nintendo no pone trabas en ese sentido y la gente juega al online con sus backups, pero en un futuro no se puede asegurar nada.
Espero que te sirva de ayuda. Un saludo