Arrancas el emunand en CFW, ejecutas checkpoint. Buscas el juego de pokemon y haces una copia de seguridad no recuerdo el botón exacto, pero era fácil.
Conectas la switch en modo usb y navegas hasta encontrar la partida salvada y la copias por ejemplo en el PC.
Arrancas la consola en modo normal y abres el Pokémon para que se cree una partida salvada. Ahora arrancas en CFW desde la sysnand, ejecutas checkpoint y haces copia de la partida salvada.
Conectas la switch otra vez al pc (o sacas la SD), buscas la partida salvada que acabas de hacer (viene con fecha, hora, minutos y segundos) dentro de la carpeta de software de checkpoint y la sobreescribes con la partida de emunand.
Por último arrancas sysnand en CFW, abres checkpoint y le das a restaurar, te cogerá el backup y listo.
No se si habrá quedado suficientemente claro, pero estoy con el móvil y hace tiempo que no toco el CFW y checkpoint. Ya verás que no es difícil pero claro, tienes que arrancar checkpoint desde sysnand. Yo lo he hecho en muchas ocasiones, y nunca he tenido problema pero cada uno asume sus riesgos. Si no has ejecutado juegos piratas no debería haber problema pero con Nintendo nunca se sabe.
Otra opción es insertar la partida salvada en un backup de sysnand y restaurar, pero al estar cifradas me parece mucho más difícil y arriesgado