@GiovannirdSon dudas que justifican la consulta a un abogado. No temas ni te avergüences de ir a consultar a un letrado o letrada para quedarte tranquilo porque el asunto es importante.
Entiendo que has comprado en régimen de gananciales. Es decir, 50% de la propiedad de la vivienda para ti, y el otro 50% para tu esposa. Si es así, constará en la escritura de compraventa ¿verdad? Si estás casado en régimen de gananciales, se entiende que has comprado para tu sociedad de gananciales. De hecho en las escrituras es habitual la expresión "que adquiere para su sociedad de gananciales".
Si todo está bien en la escritura de compraventa no creo que haya problema alguno en registrar ese piso en el Registro de la Propiedad, y en el Catastro.
En el párrafo que indicas el notario dice que no pudo acceder, por vía telemática, al contenido de los asientos (la información) en el Registro de la Propiedad, de esa finca, así que pidió información por fax. Y lo que dice después es que lo que conste en el registro ANTES de la compraventa, es lo que seguirá constando. La "realidad registral" se refiere a las medidas, alturas, etc. Como ejemplo de realidad registral: si un piso tiene 150 metros cuadrados, antes de que lo compres, pues se entiende que sigue teniéndolos ahora que lo has comprado. Creo que se refiere a esto. Cambia el propietario, pero el inmueble sigue siendo el mismo tal cual está descrito en el registro de la propiedad y en el catastro. Tú mismo puedes acceder si quieres en la web del catastro, a la información de tu inmueble, con la referencia registral.
Pero si tienes dudas no te quedes con ellas, consulta a un letrado/a de tu confianza mostrándole los documentos originales para que les eche un ojo.
De entrada te digo que si has comprado un inmueble ante notario, lo más probable, es que esté todo bien, porque los problemas pueden surgir sobre todo con compraventas hechas en documento privado, que no van a notaría, y que luego con el paso del tiempo te pueden traer alguna sorpresa. Por ejemplo una persona que compra un piso, pero no hace nada ante notario, ni lo comunica al registro de la propiedad, ni al catastro. Por tanto sigue figurando en esos sitios a nombre del anterior propietario.