Hola Verdezito,
Para programar tus copias de seguridad periódicas puedes usar Deja Dup. Este programa se encargará de la parte del backup, pero no de montar y desmontar el pendrive. Para eso, puedes poner un par de reglas con crontab, una que monte el pendrive cada cierto tiempo, y otra que lo desmonte, cuando calcules que pueda haber terminado la copia de seguridad. Habría que buscar si se puede hacer de una manera más óptima, lanzando estos comandos justo antes y justo después del proceso de copia.
En cualquier caso, no estoy seguro de que esto salve tu información en caso de un desastre como el que comentabas. Aunque el pendrive no esté montado, seguirá recibiendo electricidad del puerto USB, y el agua puede dejarlo inservible.
Para desastres como inundaciones, incendios, robos, etc., es mejor es tener una copia de seguridad fuera de tu casa. En este sentido, Deja Dup permite guardar tus copias en servidores externos por FTP, SSH, y también está integrado con Amazon S3.