Yo la suelo montar tal como tú la tienes en la foto, aunque tenga entrada y filtro por abajo. En un componente que está rateado para temperaturas del aire de entrada de 50ºC (en cualquier fuente decente) prefiero que ayude ligeramente al flujo de aire dentro de la caja, aunque sea a cambio de tener la fuente un pelo más caliente.
También suele haber filtros de polvo en la zona superior, y si vas a poner los ventiladores sacando aire (que es lo lógico en esa posición) el filtro no hace más que dejar más polvo dentro de la caja, que es lo que no quieres. El fabricante te da las dos opciones, puedes usar la que gustes.