edita el STR con el aegisub (ta en linux, igual tienes que compilarlo) y transformalo en ASS (si no lo tenias antes asi) y haz edición de estilos con el. activa la casilla de caja opaca y pon un valor de 3 a 5 en contorno.
abres el video (pestaña video) y vas editando los subs para que tape el texto en ingles con el texto en español
haí ya tienes lo que pides. no hace falta que recomprimas*. con que hagas una pequeña edición de subtitulos para que tape el texto sobra
*despues creas un mkv con dicho video + los subs (poniendo la propiedad de este como forzado y por defecto) con MMG (mkvtoolnix) y sobrando
saludos