Yo también diseño y programo páginas web, y cuando decidí desinstalar windows (ahora lo tengo pero como máquina virtual, para el photoshop y el visual studio 2005), lo único que me preocupaba era Photoshop, Visual Studio y poco más... Ya que los clientes FTP son todos iguales, pero en Windows son de pago (en linux son de open source y funcionan bastante bien).
El único problema que tuve fue al principio con el gFTP, que se me desconectaba cada 2min de inactividad, pero cambié la opción correspondiente y ahora, de hecho, me gusta mucho más que los que he usado en Windows. Sólo que para editar los favoritos (marcadores), que tuve que ir al fichero donde se guardan porq no había forma de crear "Carpetas" y dentro de estas meter cada marcador (tengo varios hostings, y varias webs, y me gusta tener organizado todo).
Y si no te basta con este, como bien dte han dicho por ahí, el Fireftp está bastante apañado, aunque prefiero el gFTP.
