Hay que tenermucho cuidado a la hora de aplcar estas cremas ya que transmiten muy bien el calor (por eso disipan genial) pero sabes lo que transmiten muy bien tambien? Exacto, la electricidad
Vamos que si no andas con cuidado mas a crear un corto en la placa precioso...
De todos modos tu caso no creo que sea ese, apostaria mas bien por uno de estos dos:
1. Has puesto demasiada crema, lo ideal es una FINA capa, se trata de servir de contacto, no que haya tanta crema que las superficies ni se toquen xD Para que te hagas una idea, las mejores marcas de crema vienen con unos pinceles para "pintar" con la crema, imagina lo fino de la capa...
2. Al volver a montar todo no has sujetado bien el disipador y no hace bien contacto, no disipa y la PS3 se calienta demasiado, provocado un autoapagado para evitar daños...
Te aconsejo que la abras de nuevo y lo revises bien, y asi aprovechas y limpias el exceso de crema que comentabas antes