Desde el recovery mode instalas el firmware que quieras. O el 3.55 oficial o un custom firmware.
Tienes varios conceptos confundidos mucho ojo.
-Si ya te salen las dos carpetas en el apartado juegos.....¿Porque quieres reinstalar nada? Prueba a instalarte un loader o cualquier aplicación a ver si te funciona. Yo creo que ya tienes instalado el cfw.
- Si quieres instalar/reinstalar cualquier firmware partiendo de un custom firmware(como creo que es tu caso), es mucho mas seguro desde recovery mode y no desde el xmb de la p3. Arrancas la ps3 en recovery mode y eliges la opción referente a instalar un firmware(creo que es la ultima)
-Para instalar un firmware desde recovery. Copias el firmware 3.55 o un custom de 3.55 en un pendrive en la ruta PS3/UPDATE
No puedes bajar de versión(a 3.41 como dices) ni te hace falta para nada desde el menu o desde recovery.
Mira bien lo que haces o acabaras teniendo un bonito pisapapeles de 300 euros.