Como dice Ruby, a efectos del juego en si es exactamente lo mismo, ya que las franjas/velocidad/censura lo determina tu AES, da igual de donde sea el juego.
La unicas diferencias son exteriores. Los japoneses lo tienen todo en japones (lomo, instrucciones, etc) y son mas baratos en general (y hay juegos que solo salieron en japones). Muchas veces la portada es diferente en la version inglesa, asi como el diseño en general.