Pues si tienes una Supercard,esta ya lleva el emu incorporado ,es decir , nada mas tendrias que meter la rom *.nes y ya esta.Si no como te ha dicho mjmx el PocketNes va muy bien
El que viene en esta página, supongo que el pocket Nes, que es el mejor, sí que funciona, yo lo he probado en EzIV.
Independientemene del flashcart que tengas, creo que tu problema puede ser que no lo has utilizado correctamente. No basta con meter el emu y las roms sueltas, tienes que integrar las roms con el emu en un sólo archivo .gba utilizando el programa Menu Maker.