Lo que tratan de decirte, es que un juego original (misma region que Wii, se entiende) nunca en la vida da problemas de ningun tipo, a no ser que se tenga un lector en las ultimas que no lea bien ya, o un dvd rayado. Si no se ha hecho nada, o solo se ha instalado el HBC, o algun loader, o muchas otras aplicaciones homebrew que existen, no afecta para nada a la lectura de DVDs ORIGINALES por parte del lector. Un modchip instalado y malfuncionando, podria interferir, pero vamos, que lo tuyo, si has seguido los manuales de instalacion de homebrew, es un caso de polstergeist, que solo tu vas a poder descubrir y solucionar.
Yo, como experiencia vivida, recuerdo que cuando me pase de una version de System Menu 3.x a la 4.1 actual, me dejo de funcionar un backup (1 de cada 20 veces sin embargo, funciona). Con esto, quiero decir, que la actualizacion que hice, seguro que retoco las rutinas de acceso al lector, y por eso ahora ese DVD no me lo pilla casi nunca. Pero vivo con ello, y poco mas. Que te pase con un original, eso ya no se.