Yo estaba igual que tu, y hoy mismo he pillado el S3 aunque no descarto en un futuro probar el Nexus. ¿Por qué?
1. Actualizaciones. Sí, el nexus lo respalda Google y todo lo demás, pero a día de hoy y después de muchos meses aún no han sido capaces de solucionar varios bugs con una actualización decente. En cuanto a Samsung, se están portando bien y hasta el S2 a probado JB... así que el S3 aún lo aguantará un añito... Y cuando no tenga más soporte la comunidad va a darle soporte para rato, que por ROMS no será.
2. Memoria. En mi caso, 16GB no son suficientes y el poder ponerle MicroSD es algo vital.
3. Batería. De cara un futuro, puede venir más que bien reemplazarla cuando la batería ya no funcione como le corresponde.
4. La cámara. Para algunos no es tan mala como dicen la del nexus, y otros que si, pero he podido compararlas mano a mano y para mi me parecen mucho mejores las del S3. Pero vamos, bajo mi punto de vista.
5. Diseño. Es una opinión personal, pero no estoy a favor de los terminales que son de cristal por delante y por detrás... ya puedes meterle una buena funda acorazada.
A pesar de todas estas contras, posiblemente en un futuro lo haya cambiado el S3 por un Nexus