@persibal Eso que dices no es normal que suceda con una consola modificada. Así que lo mejor es antes asegurarse de que los parlantes de la consola no sean los que tienen el daño como tal (mira a ver si de pronto la consola sufrió algún golpe o si estuvo en un ambiente no apto, con demasiada temperatura o demasiada humedad).
Por ejemplo, puedes verificar el estado de la salida de audio de los audífonos, que el deslizador de volumen funcione de forma adecuada, que al usarla para otras cosas como por ejemplo estando en el modo DS (mediante un juego DSiWare o una flashcard modo DS) el sonido se comporte de una manera distinta o siga igual, etc. Así que sigue probando.
Y si de algo te ayuda, mira a ver qué sucede cuando arrancas la consola en modo recovery (esto es manteniendo presionada la combinación L+R+A+Arriba desde el encendido), a ver si el sonido sigue igual. También deberías probar la táctica de dejar descargar completamente la batería, luego extraerla de la consola por unos buenos minutos, volver a ponerla y finalmente cargarla completamente y encenderla (esto último por si de pronto el problema está asociado a la fuente de energía).
Finalmente si sospechas que puede ser cosa de la modificación (algo que no creo, por ahora), puedes quitársela y ver qué pasa. Saludos