Hola,
Esta semana yo cambié la carcasa de mi NDS lite, porque se me rompió la bisagra. Al volver a montarla la pantalla inferior no funcionaba correctamente (se veía muy oscura, con muy poco contraste y color y además las letras me parpadeaban).
El problema resultó ser que el fleje de conexión de la pantalla superior a la placa estaba mal coloado. Investigando un poco por internet descubrí que varias personas tenían fallos diversos con la pantalla de abajo y el problema era el mismo: la conexión de arriba. Curiosamente la pantalla de arriba siempre se me vió bien.
No sé si te puede servir, pero puedes investigar por ahi. En mi caso el problema fue que tiene que estar MUY BIEN metido este conector y yo lo dejaba como a mi me parecía que estaba bien pero no era suficiente.
Espero que tengas suerte