A ver, para resolver TODAS las dudas, la consola es region free, no hay distinción ninguna de las compras q hagáis en la Store española o cualquier otra, salvo el precio.
Si borráis el juego bajado de otra región, en la cuenta española tendréis disponible para bajar sin tener que volver a la Store extranjera, como por ejemplo Sudáfrica, siempre que ese contenido esté disponible en nuestra Store. Si el contenido no está en la región, como algunos juegos japoneses, en ese caso sí habrá que cambiar la configuración regional de nuestra cuenta para volver a bajarlo.
Tuve las mismas dudas cuando compré la consola y es normal tenerlas, pero es que veo que se repite mucho lo mismo y quería aclararlo.
Cómo último decir que no se conocen casos de baneo por realizar compras en otra región. Nintendo, aunque seguramente sea consciente de esa triquiñuela, mira para otro lado.
Saludos.