Sí, formateando la consola, el NNID se desvincula de esta y podrás ponerlo en otra. Si lo vas a hacer así, no es necesario llamar a Nintendo, simplemente cuando tengas la otra consola e inicies sesión con tu NNID y se vincule, podrás volver a descargar tus juegos de la eShop.
Obviamente, olvídate de los progresos de tus juegos digitales.
El tema de llamar a Nintendo sería si tú, por ejemplo, vendes tu consola actual sin desvincular el NNID y quieres volver a iniciar sesión en la nueva. Ahí te tendrías que buscar una escusa, armarte de paciencia y tener suerte para que lo hagan. xD.