Que yo sepa no existen SD propietarias, entonces no se llamarían SD, o si las llama Nintendo así les caería una encima que no veas. Así que por eso no hay problema.
Y sí, serán más caras que las otras SD, eso seguro, ya que Nintendo tendrá que subcontratar a otra compañía (como con el wi-fi connector). Aunque seguramente serán de buena calidad.