Me ocurre algo parecido, no exactamente igual.
Los backups inyectados de GameCube, al ejecutar alguno me dice si quiero usar el wiiu gamepad, si le digo que si lo único que se activa son el wii u gamepad como mando 1 y los mandos pro como mandos 2,3 y 4.
Si le digo que no quiero activar el wiiu gamepad para que si me detecte el adaptador de gamecube y sus 4 mandos, tengo que pulsar con un mando de wii en la TV una opción, pero como no tengo mando de wii no puedo.