A ver, es sencillo.... metes la carpeta nintendont dentro de apps, la de controllers esa no, a no ser que uses mandos genéricos pero si tienes el original no hace falta. Luego en la raiz de tu pen creas una carpeta y la nombras a games, metes el juego dentro y listo. Y si haciendo todo esto te sale el mismo mensaje pues lo dicho, tu pen no es compatible. A parte, leyendo el link que ha puesto el compañero, dice que las unidades flash son problemáticas, no sé qué marca y tipo sera tu pen pero quizás sea por eso.