pues has cometido un error al actualizar el wii a 4.0 oficial, debias de haber hecho uno especial, recomendado alterado por waninkoko.
sin embargo lo que te pasa dudo que tenga que ver con la actualización, lo mas probable es que tengas algun problema con la tarjeta sd, por lo que te recomiendo, que guardes todo lo que tienes, la formatees y vuelvas a probar...
Por ahora, por ningun motivo se te ocurra borrar o transferir el hombrew channel, no lo podras recuperar.....facilmente.
Si la sd funciona, de nuevo, te recomiendo instalar bootmii y luego mires si puedes dawngradear la wii a una version anterior (superior a 3.0) y si quieres lo actualizes de nuevo a la 4, pero la version waninkoko.....
Si eres muy novato tendras que leer mucho, lo bueno que todo lo que te he explicado lo puedes encontrar aqui.