VP9 es un FORMATO DE VIDEO, un CODEC es el software o el chip que codifica o decodifica a un X fromato de video, no son lo mismo aunque esten relacionados.
Posiblemente el perfil que usaron los de youtube en la codificacion a VP9 de ese stream de video no sea compatible cono de la decodificacion del GPU, por ello que haga uso de la decodificacion por software [uso del CPU], o bien, realmente no es compatible con VP9 el sistema de decodificacion del GPU.
Yo dejaria d epreocuparme y usar solamente ese plugin para forzar en youtube los streams de video en FORMATO h264.