Creo que he dado con el kick de la cuestión. Hoy he decidido probar unos backup para hacerme una idea si me molaban o no, para luego pillarme los juegos mas adelante de segunda zarpa (uno es pobre y debe de pagar el piso).
El caso es que no me funcionaban los últimos backup probados, los mas recientes, pero he descubierto que si no parcheo varias roms a la vez no tengo el problema y funcionan.
Espero haber servido de ayuda.
¡¡¡¡¡¡¡¡¡¡¡¡¡¡¡¡ ATENCIÓN !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
Todo lo que he puesto anteriormente, parece que no es válido, ya que he cambiado varias cosas a la vez.
Ya he hallado cual es el problema, el nombre de las roms si es demasiado grande no funcionan los juegos, akabo de renombrar las roms con nombres más pequeños y tiran, sin haber hecho otro cambio.
Salu2.
PD: comentad los resultados.