El cartucho de GBA es una ampliación de memoria RAM. Vamos, que es hard. Yo no intentaría emular una RAM con memoria flash pero bueno, igual funciona...
Pero no te preocupes por nada, podrás ejecutar tu copia de seguridad en la ranura de la DS con los nuevos flashcarts y el correspondiente cartucho de ampliación que te viene, y si se avería te lo arregla el SAT, así que no veo ningún problema.