Pues segun dicen en el foro de mph, en teoría ya no haría falta parchear las .prx de ningun juego, pudiendo dejar la iso como originalmente queda. También dicen que la compatibilidad del loader se ha visto reducida, pero que se solventará en la versión final.
With the new Game Loader 1.1 its possible to run the UMDs and ISOs without the need to decrypt or to replace the PRX files of the ISO Image. So you can run a virgin ISO or UMD Disk of GTA with this Loader
Fuente:
http://mphwebsite.tuxfamily.org/punBB/viewtopic.php?id=689 