Eso suele pasar cuando metes un gameboot demasiado grande (el original es solo de 196 kB). Para poder usar gameboots mayores al original y evitar el problema que comentas, os conviene liberar espacio de la flash 0, es fácil haciendo un dummy del archivo de fuentes para los caracteres japoneses (jpn0.pgf), con lo que liberas 1.5 Mb. Si no estais muy duchos en esto, podeis usar alguna aplicación tipo ICU para liberar espacio de la flash 0. Tras eso seguro que el custom-Gameboot se copia correctamente en la flash y se ejecuta como debiera..