Con el xex loader estoy convencido 99% que no se puede. En todo caso con el freestyle o xex menu (no lo he usado nunca).
La ruta, pues si lo que quieres es meter un acceso directo para verlo en la biblioteca de juegos, creas el acceso con el quick boot y lo metes en la carpeta Content\000... y el programa lo dejas en la raiz de la memory.
Si lo que quieres es que arranque desde la memory...copias el programa a la raiz de la memory y mete el dash launch, lo que es el launch.ini en la raiz de la memory y ejecutas el default.xex de la carpeta installer del dash launch (habría que ejecutarlo usando el xex loader en cd por ejemplo) y ya está.
El launch.ini tiene que tener una ruta similar a la que puso Jara:
Default = Mu:\Apps\Miloader\default.xex
Sustituyendo Apps\Miloader\default.xex por la ruta en la que pongas el programa, si fuera el freestyle y lo pones en la raiz podría ser: Default = Mu:\freestyle\default.xex
El tema está en acceder a la memory ,como te decía.