A mí me ha ocurrido algo parecido en el portátil, y según habéis comentado, se me ocurre que puede pasar un poco de todo.
Cuando voy a extraer pistas de un CDaudio al disco duro, cualquier programa que he utilizado para rippear me ha dicho que no se encuentra disponible la unidad de CDRom. Los controladores están en orden y no hay problema de identificación de la unidad por el sistema, pero no hay manera.
Y lo cierto es que también tengo instalado un CD virtual de CloneCD.
En el ordenador de casa tengo una instalación similar y no se ha producido ese problema. Así que se me ocurre que puede haber sucedido que haya adjudicado las letras de las unidades de CDRom cuando tenía conectada en el portátil la grabadora, y así, al no tenerla conectada, el sistema no hace una buena identificación de unidades CDRom.
Resumiendo: puede ser problema de asignación de letra a las unidades de disco (problema similar al de una partición), pero entre las de disco duro, CDRom/DVD (lector y grabadora) y CDvirtual.
Así que es posible que la reinstalación de la unidad virtual y una nueva asignación de letra a cada una de las unidades que se utilizan puede solucionar el problema.
Si es así (cosa que haré cuando tenga tiempo) ya avisaré ...si me acuerdo.