Es raro que pase eso, que extensión pone en los archivos cortados? Los que yo tenia eran .666000, .666001 ...y asi. Simplemente me ponía en cualquier vista de las que tiene el multiman, pulsaba O y se copiaba todo perfecto. Ahora que ha salido una versión del multiman con soporte para discos externos ntfs, no necesitarías cortar los archivos de más de 4GB, así que para evitar errores mejor vuelve a unirlo con el programa que utilizaste para cortarlo, y vuelve a copiarlo al interno.
Algo menos lioso que eso y más rápido, es copiar la carpeta del juego con el comgenie's awesome file manager, aunque yo nunca lo he necesitado porque mi multiman va perfecto.