No es necesario entrar en modo GBA, al menos yo no tuve que hacerlo. Lo del FAT le pasa a mucha gente, podrían poner unas instrucciones en la caja del Ez-Flash...
En cualquier caso, yo para cosas así de ficheros te recomendaría que fueras cuidadoso con las mayúsculas. Muchas veces no se encuentran archivos por no coincidir la mayusculación.
PD: Joder, este mensaje tiene dos días. Siento el reflote.