Fijate bien que no hayan caracteres extraños en el nombre. A mi me paso que puse como primer caracter de un directorio un espacio en blanco y el FlasXP no lo borraba.
Lo solucione abriendo una sesión ftp desde el cmd y poniendo el nombre del directorio entre comillas (con el espacio en blanco). Algo asi como:
rmdir " directorio"
