Imagino que tendras un disco duro solamente con particiones. Si es asi, abre un cmd ( command prompt ) y escribe
chkdsk ( ojo poner espacio ) /r. Te dira que el disco esta en uso y que si quieres programarlo para la proxima vez que inicies el pc. Le dices que si, reinicias y lo dejas hasta que termine el solito. Con el comando /r si hay algun sector defectuoso te lo arreglara.
Cabe decir que esto ocurrira si lo haces en la particion c:\ Si tienes mas particiones tendras que hacer lo mismo segun la letra que sea d:\ e:\, pero al hacerlo en estas te dejara hacerlo sin reiniciar ya que el volumen no esta en uso. Ya me contaras...