puede ser por varios motivos:
¿has probado a meterla y sacarla (qué mal suena) alguna vez?
¿usas el parcheador de roms adecuado para la tarjeta sd?
¿has actualizado el firmware?
¿usas la superkey o el superpass?
a mí me ocurría lo mismo al principio, pero ejecuté en la ds el archivo *.bin que venía en el zip con el parcheador y luego todo funcionaba bien.