¿Tienes activado compiz?
Si es asi, tienes que editar un par de tonterias en compiz para que te aparezcan los desklets.
Para ello en Sistema -> Preferencias -> Configuracion avanzada de efectos de escritorio.
Dentro del programita, escribe arriba en el filtro "Window rules", entrar en "Window rules" y escribe arriba en la primera linea llamada "Saltar barra de tareas" :
classh=Gdesklets
Marca a tu izquierda la casilla de "Habilitar Window rules"
Escribe ahora en el filtro arriba "General Options", dentro desmarca la casilla de "Hide skip taskbar windows"
Y ya te tiene que funcionar perfectamente Gdesklets.