lo primero es tener la version mas moderna del emu, la PCsx v19. Luego también hay que tener en cuenta que hay muchos juegos de PSX que no son compatibles, de hecho la mayoria no son compatibles, el PCSX es un truño.
Yo uso el mismo sistema que tu comentas pero psando las bins por ftp y hasta ahora he conseguido cargar casi todo lo que le he metido, eso si, de jugables, muy pocos. De hecho ayer intente poner el Abe's oddissey pq me daba pereza jugarlo en pc y aunque funciona hay tantos errores graficos que no merece la pena.
No se cual puede ser el problema. Prueba tambien a buscar la web del pcsx u otra (es que no recuerdo cual es) donde la gente subia las configs adecuadas para cada juego.
Tb sé que dentro del emu hay una opcion que permite cargar las isos, en modo emulador, en modo bios, modo HLE y que segun que juegos hay que usar uno u otro.
y no se como) son los juegos que he tratado de usar yo los que no funcionan. 