Para poder grabar las partidas tienes que parchearlos de una forma, algunos juegos que aun no han salido buen soporte para funcionar, se parchea quitando esa opcion para asi poderlos jugar.
En el caso de megaman pasa eso, yo uso M3 y te lo dijo por que la forma de parchearlo que as usado no te deja guardad.
Un saludo.