A mí con el único juego que me ha ocurrido es con el Trauma Center, de los otros que has mencionado sólo he probado el Another Code y me ha ido bien. Aunque igual ha sido algo puntual y si vuelvo a intentarlo se me graba bien la del Trauma Center, porque he en la tarjeta SD me aparece el .sav del juego.
¿Existe alguna combinación de botones con las que guarde partida el Ninja DS? Creo que con algunas otras flashcards sí, pero no estoy seguro, tipo "L+R+A+B+Start".