A mi también me pasa, y a muchísimos amigos mios también.
No es una característica del foro, porque me tengo que meter en mis suscripciones todos los días para ver a qué hilos han respondido, ya que normalmente al correo llegan 4 o 5 avisos cuando deberían haber llegado 7 o 10 (se queda la mitad sin llegar), y no es problema de gmail, que es lo que uso, ya que a mis amigos que tienen diversos servidores de correo también les ocurre lo mismo. Al principio me dieron esa "excusa" (y lo pongo entre comillas porque los admin no tienen culpa), pero está comprobado que algo funciona mal en el sistema de envio de correo.
He comprobado que ocurre en foros que tienen el phpbb nuevo. Como te suscribas a un hilo y no respondas en mucho tiempo (es decir, solo leas) el software pasa de ti y no te envía más avisos.
Un ejemplo, me suscribí al hilo de la campus, puse un par de respuestas pero basicamente quería leer por curiosidad. Desde dos días después de mis respuestas no recibo nada, pero se que el hilo se actualiza porque lo veo a través de mi panel de control. Otro ejemplo sería el hilo de la review del DSTT, o el hilo oficial de fon, o el de F1 (ese si que falla), o el hilo oficial de la sony kdl-w4000 en electronica, etc etc.
Sinceramente, no deberíais haber cambiado a este software, falla más que una escopeta de feria.