Tienes 2 mandos? Lo digo porque a mi, todos los programas de la scene (Homebrew Channel, uLoader, GX, etc) me detectan los botones de todos, pero solo aparece el puntero de uno de ellos (el que la wii reconoce como 1r mando)
PD: prueba el "configurable USB loader", no es que te vaya a solucionar el problema pero se puede usar perfectamente con botones (sin cursor) y carga el MHT