Vamonos con calma lo que debes hacer es esto el programa por lo regular te da un archivo con terminacion *.gba solamente cambiala a *.Nds y listo!!! (Cualquier Homebrew con terminacion GBA funciona en la SC con solo cambiarle la terminacion)
pero en el caso del SnesDS te advierto que no todas las roms funcionan muy bien (Te recomiendo que hagas pruebas con juegos ya probados al 100%)