Tu problema son dos cosas:
1 - El homebrew debe estar "preparado" para cargarse desde un cartucho flash de GBA, generalmente la esta versión se reconoce por la extención ".ds.gba". Si la extención originalmente es ".nds" probablemente necesitarás prepararla para cargar desde un cartucho flash (busca ndsmall.bin en la busqueda avanzada para más información).
2 - El GUI (menú principal) del SuperCard reconoce los archivos con extención .gba como juegos de GBA. Si el archivo en realidad es un homebrew de NDS preparado para cargar de un cartucho flash no es algo que la NDS pueda ejecutar en modo GBA y la consola se bloquea (vamos, si al ejecutar una aplicación NDS te sale el "logo" de GAMEBOY estas haciendo las cosas mal).
Para solucionarlo simplemente debes cambiar la extención de ".ds.gba" a ".sc.nds" y la SuperCard lo reconocerá como software para NDS.
Te aconsejo leerte los tutoriales de la Supercard que se encuentran en este foro.