Alguna vez me tiene pasado que al borrar juegos desde el propio HDLoader en la PS2, luego al enchufar el disco duro al PC y mirar con el WinHIIP, los juegos siguen ahí.
La cosa es que sólo siguen "de nombre", ya que si los intentas pasar, no te deja, obviamente.
Que hayas pulsado un botón y se hayan borrado justo los juegos que no podías pasar me suena a que le hayas dado a "Repair drive" y te haya borrado los juegos que estaban ahí pero que realmente no estaban (por lo mencionado antes).