Eso mismo digo yo... a mucha gente le dan problemas porque los repositorios que usa automatix muchas veces se caen o ponen versiones sin revisar. En este caso instala el JRE directo de SUN. El JRE de los repos de Ubuntu está preparadito para dapper.
Por cierto, tienes que mirar si usas el de SUN por defecto, no vale sólo con tenerlo instalado.
Saludos.